Giai đoạn đầu

Dzeko có trận ra mắt ở FK Željezničar trong vai trò một tiền vệ từ năm 2003-2005, ghi 1 bàn trong tổng cộng 40 trận. Anh có thời gian được đem cho FK Ústí nad Labem mượn vào năm 2005, trong quãng thời gian này anh ghi 6 bàn trong 15 trận. Cuối năm đó, anh chuyển tới Cộng hòa Séc để chơi cho FK Teplice và anh chơi ở đó cho tới năm 2007, ghi 16 bàn trong 43 trận. Anh là vua phá lưới ở mùa giải 2006-07.Nhờ có thành tích này, huấn luyện viên Felix Magath của VfL Wolfsburg quyết định chiêu mộ anh với giá 4 triệu Euro.

VfL Woflsburg

Sau khi chuyển tới Woflsburg, Dzeko ngay lập tức tạo được ấn tượng, ghi 5 bàn và ó 3 pha kiến tạo trong 12 trận. Anh được tạp chí Sportal bầu chọn là tiền đạo hay nhất của nửa đầu mùa giải 2007-08.Trong mùa bóng đầu tiên của anh ở Đức, Woflsburg về đích ở vị trí thứ 5, được lọt vào vòng sơ loại cúp UEFA ở mùa giải 2008-09.Dzeko kết thúc mùa giải 2007-08 với 8 bàn thắng và 7 đường kiến tạo trong 17 trận ra sân.

Sau khi Woflsburg chiêu một cầu thủ đồng hương của Dzeko là Zvjezdan Misimović, màn trình diễn của Dzeko trong mùa giải thứ hai đã được cải thiện. Mặc dù có bước khởi đầu không tốt ở giai đoạn lượt đi, anh và các đồng đội đã tìm lại được phong độ và vô địch Bundesliga lần đầu tiên. Vào tháng 5 năm 2009, Dzeko lập cú hattrick vào lưới TSG 1899 Hoffeinhem, và một cú hattrick khác trong trận gặp Hannover 96 chỉ hai tuần sau, đóng góp vào chức vô địch vô cùng thuyết phục ở mùa giải 2008-09.Anh kết thúc mùa giải với tổng cộng 26 bàn thắng, chỉ đứng sau người đồng đội Grafite.Cùng với Grafite, họ trở thành cặp đôi tiền đạo nguy hiểm nhất trong lịch sử Bundesliga[1].Anh kết thúc mùa giải 2008-09 với 26 bàn và 10 đường kiến tạo trong 32 trận ở giải quốc nội. Ở cúp quốc gia Đức, anh có 6 bàn trong 2 trận, và ở cúp UEFA, anh có 4 bàn cùng 2 đường kiến tạo trong 8 trận. Màn trình diễn này đã giúp anh được công nhận là Cầu thủ xuất sắc nhất nước Đức[2].Màn trình diễn ấn tượng của anh đã thu hút nhiều sự chú ý của các câu lạc bộ hàng đầu châu Âu. Vào ngày 28 tháng 6 năm 2009, AC Milan đánh tiếng muốn có tiền đạo người Bosnia; Đội bóng Đức sau đó từ chối mọi lời đề nghị và khẳng định việc Dzeko sẽ ở lại bằng bản hợp đồng tới tháng 6 năm 2013.[3][4]

Manchester City

Sau nhiều đồn đoán, Roberto Mancini, huấn luyện viên Manchester City, xác nhận ngày 3 tháng 1 năm 2011 mức phí 27 triệu £(32 triệu €) đã được chi cho Wolfsburg để có Džeko, đó là con số chuyển nhượng cao thứ hai của Man City, sau Robinho với trị giá 32.5 triệu £ (42.5 triệu €) chuyển đến từ Real Madrid năm 2008. mức chuyển nhượng cao thứ 6 tại Premier League.[5]